科学的快感

review
MEGABLAST ：主要用来鉴定一段核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。
Discontiguous MEGABLAST 和 Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ：两者都是侧重于用来比对序列同源性的，但是所用算法不同，所以Discontiguous MEGABLAST 的灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。
Search for short nearly exact matches：主要用于引物片断和较短核酸序列的比对，设计引物的时候，常常会用到这个比对程序。
Search trace archives with megablast or discontiguous megablast：用来查找别与比对序列相关的原始未加工序列信息，其数据库主要由全基因组鸟枪打靶，BAC 末端序列和 EST 序列构成。

如果仅仅是为了验证引物序列是否正确（仅适合于基于完全匹配原则设计的引物），也可以用Blast的“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”搜索，具体方法为：
1. 打开Blast，点击“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”
2. 等新页面完全显示后，将引物序列直接copy到“Search”框（没有必要将下游引物序列转换成其互补链），下面3种方法都可以（我觉得这3种方法的搜索结果没有什么区别，没仔细比较过哦！）
　（１）直接拷贝上游引物序列，然后直接将下游引物序列拷贝在上游引物后面
　（２）直接拷贝上游引物序列，在上游引物序列后加一空格，然后直接将下游引物序列拷贝在空格后面
　（３）直接拷贝上游引物序列，换行，然后直接拷贝下游引物序列
注意：记住上、下游引物的长度，如上游引物为19bp、下游引物为18bp，这在查看Blast结果时有用。
3. 点击“BLAST！”，新页面完全出来以后，点击“Format！”。
4. 结果完全出来后，查找有没有和1-19、20-37同时完全匹配的基因，其他的就不用考虑了。当然，如果下游引物序列所对应的基因片段的3'端正好和上游引物序列的3'端的1或2个碱基互补，那就可能是19-37或18-37。
如果有，那你的引物序列就是正确的。从文献上查的引物，除了要用Blast验证其序列是否正确外，还是应该用软件分析分析到底引物好不好。

用blast验证引物特异性所选用的数据库